GMI Imanuel bermula dari kerinduan beberapa jemaat Methodist yang merantau ke Jakarta untuk mendirikan Pos Pekabaran Injil Methodist di wilayah Angke, Jakarta Barat. Kerinduan ini terwujud di tahun 1968. Untuk pertama kalinya diadakan kebaktian di sebuah garasi mobil milik salah seorang jemaat di Jl. Samarasa I No. 20, Angke. Ketika itu jumlah jemaat ± 20 orang.

Oleh anugerah Tuhan, Pos PI Methodist ini terus bertumbuh baik kualitas maupun kuantitas. Pada tanggal 20 Juni 1976, gedung gereja pertama yang memuat ± 100 orang di Jl. Latumeten Gg. Rahayu I No. 7 ditahbiskan dan diberi nama GMI Jemaat Imanuel. Seiring dengan pertumbuhan jemaat, meski ruang kebaktian dan sekolah telah diperluas, daya tampung ruangan semakin hari semakin tidak memadai lagi, demikian pula dengan jumlah siswa-siswi PKMI Methodist yang terus bertambah dan lahan parkir yang terbatas. Oleh karena itu, dengan anugerah Tuhan, pada tahun 1992 berhasil dibeli sebidang tanah seluas ± 4.000 m2 di Jl. Terusan Bandengan Utara No. 91 AY (tempat yang hingga sekarang digunakan untuk gereja dan sekolah). Setelah melewati masa pembangunan yang cukup panjang maka pada tanggal 8 Mei 2004 gedung gereja ditahbiskan.

Sesuai dengan semangat pelayanan John Wesley yang memberi perhatian khusus bagi pendidikan dan evangelisasi/penginjilan, GMI Imanuel membuka sekolah yang dinamakan Perguruan Kristen Methodist Indonesia (PKMI) Imanuel, mulai dari TK/Kelompok Bermain (dibuka tahun 1977), SD (1978), SMP (1982), SMU (1990).  GMI Imanuel juga membuka pos-pos pelayanan   di Jakarta, Bogor, Semarang, Solo, Surabaya, Bali hingga Kalimantan (Pontianak, Singkawang, Sanggau Ledo dan daerah sekitarnya). Hingga kini GMI Imanuel telah membuka 30 Pos Pelayanan  , dan  di antaranya 11 pos pelayanan sudah menjadi jemaat dewasa ， juga membuka sekolah TK – SMA didaerah Kalimantan Barat . Biarlah Tuhan terus memakai GMI Imanuel menjadi penyalur berkat dan penyalur anugrah kasihNya.

Segala Kemulian Hanya Bagi Tuhan !